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生物信息学:如何使用纳米孔数据对基因组甲基化进行检测和定相

直播日期 2021/11/23 15:00

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生物信息学:如何使用纳米孔数据对基因组甲基化进行检测和定相

表观遗传学是有关化学修饰的研究,这是一个正在蓬勃发展的研究领域,研究人类表观遗传修饰(包括对 DNA、RNA 和组蛋白的修饰)对于很多领域具有重要意义。然而,传统检测表观遗传学的技术存在一些局限性。例如,短读长测序技术包含聚合酶链式反应 (PCR),在这期间会丢失表观遗传修饰。由于其不能对甲基化直接测序,因此在测序前需要对 DNA 样本进行化学处理,以此推断甲基化的存在。 纳米孔测序可在无需 PCR 的情况下,制备和测序天然 DNA 和 RNA 分子。这样就可以在检测核苷酸序列的同时直接检测完整甲基化,无需任何化学转化或额外的文库制备步骤。端到端的纳米孔工作流程具备简单的文库制备流程,结合灵活的测序选项,可满足各类实验目标,针对靶向区域或人类全基因组提供了前所未有的甲基化解决方案。

11.23日,来自Oxford Nanopore 应用团队的生物信息学家Philip将为大家介绍如何使用纳米孔数据对基因组甲基化进行检测和定相,主要内容有:
甲基化定义及其重要性
如何进行甲基化分析,需要什么样的数据,读长建议
利用纳米孔测序技术进行甲基化检测的结果与分析

嘉宾简介

Philipp Rescheneder
生物信息学家
(Oxford Nanopore)

Oxford Nanopore应用小组的一名生物信息学家。目前,他主要负责鉴定、评估和调试最合适的相关工具和工作流程,用于分析不同应用领域的纳米孔测序数据,包括变异识别、组装和识别甲基化。在加入Oxford Nanopore之前,他的研究重点是开发计算工具,以有效地比对长/短读长测序的噪音。

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